Vùng biển của rạn san hô Apo được bảo vệ trong khu vực vườn quốc gia có diện tích 274,69 km 2 của rạn san hô và khu vực xung quanh của nó.[3] Trong tổng diện tích thì có 157,92 km 2 là thuộc Công viên tự nhiên Apo trong khi phần còn lại có diện tích 116,77 km 2 tạo thành một vùng đệm xung quanh vườn quốc gia.[3]

Về mặt chính trị, các rạn san hô nằm trong vùng biển thuộc tỉnh Mindoro Occidental, trong khu vực IV-B của Philippines. Nó được quản lý trực tiếp bởi chính quyền địa phương của khu đô thị Sablayan.[2]

Ban đầu, rạn san hô Apo lần đầu tiên được chính thức tuyên bố là "công viên hải dương" dưới thời tổng thống Philippines Ferdinand Marcos vào năm 1980.[4] Điều này được tiếp nối với việc chính quyền địa phương Sablayan tuyên bố các rạn san hô là "Khu du lịch và Khu bảo tồn biển" ba năm sau đó.[5] Năm 1996, toàn bộ rạn san hô được công nhận là công viên tự nhiên bởi chủ tịch Fidel Ramos.[6]

Trong năm 2006, Cục động vật hoang dã và khu bảo tồn thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường trình Trung tâm Di sản thế giới của UNESCO để xem xét công nhận rạn san hô trở thành một di sản thế giới.[3]

Sau một cuộc khảo sát địa phương của Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên, câu cá tại các rạn san hô đã bị cấm bởi chính phủ Philippines trong tháng 9 năm 2007.[7][8] Công viên biển sẽ được mở cho khách du lịch để tạo ra kinh phí giúp bảo vệ rạn san hô cũng như cung cấp một việc làm thay thế cho hàng trăm ngư dân trong khu vực.[9]